農(nóng)村地區(qū)非法建房，由縣級以上人民政府國土管理部門(國土資源局)，鄉(xiāng)，市人民政府指導(dǎo)。這是基于以下兩個規(guī)則的結(jié)論：

(1)根據(jù)有關(guān)法律法規(guī)，人民政府相關(guān)部門發(fā)現(xiàn)在建村莊的違法建筑工作后，必須立即書面下令停止建設(shè)。如果當(dāng)事人不停止施工，則可以將現(xiàn)場查封。

(2)《城市和農(nóng)村規(guī)劃法》第六十五條規(guī)定，未依法取得農(nóng)村規(guī)劃許可或者不遵守規(guī)定的，由市政府或者市人民政府直接負(fù)責(zé)。在市內(nèi)或村莊規(guī)劃區(qū)域內(nèi)的農(nóng)村規(guī)劃許可證的規(guī)定，以便在一段時間內(nèi)停止建設(shè)并進(jìn)行更正;如果在截止日期之前未進(jìn)行任何更正，則可以將其拆除。