經濟糾紛法院收取款項的方式主要有以下幾種：

1. 判決執(zhí)行：當法院判決一方支付款項時，可以通過強制執(zhí)行手段，包括查封、扣押財產、工資、銀行賬戶凍結等，強制執(zhí)行被告方支付款項。

2. 和解協議：當雙方達成和解協議時，在協議中約定款項支付方式和時間，并由法院監(jiān)督執(zhí)行。

3. 執(zhí)行實施：如果被告方拒不履行判決或和解協議的支付義務，可以申請進行執(zhí)行實施。執(zhí)行實施的方式包括拍賣被告方的財產、查封其銀行賬戶或財產等，以扣押相關款項。

4. 通過銀行轉賬：法院可以要求被告方通過銀行轉賬的方式支付款項，以確保資金安全和追蹤。

無論采取何種方式，經濟糾紛法院在收取款項時將通過執(zhí)行、執(zhí)行實施或和解協議等手段來確保被告方按照判決或協議支付款項。