在離婚時，夫妻共同經(jīng)營的藥店財產(chǎn)分割可以通過以下方式進(jìn)行處理：

1. 協(xié)商分割：雙方可以自愿協(xié)商，商定藥店財產(chǎn)如何分割?？梢愿鶕?jù)藥店價值、雙方投入的勞動和資金比例等因素來進(jìn)行分配。

2. 共同經(jīng)營轉(zhuǎn)讓：如果雙方無法達(dá)成一致，可考慮將藥店財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓給一方，但需要支付給對方合理的補(bǔ)償。補(bǔ)償?shù)慕痤~可以基于藥店的市場價值、盈利能力和發(fā)展?jié)摿Φ纫蛩剡M(jìn)行確定。

3. 司法裁決：如果通過協(xié)商和轉(zhuǎn)讓仍然無法分割藥店財產(chǎn)，可以向法院提起訴訟，由法院根據(jù)合理、公平和公正的原則進(jìn)行財產(chǎn)分割。

無論采取何種方式，分割藥店財產(chǎn)時需要充分考慮雙方的投入和貢獻(xiàn)，以及公平合理原則。最終的分割結(jié)果應(yīng)能滿足雙方的合理訴求。