當離婚協(xié)議中規(guī)定的補償金超過限期后，通常有以下幾種處理方式：

1. 協(xié)商解決：雙方可以再次協(xié)商達成一致意見，確定新的補償方案，以滿足雙方的利益訴求。

2. 起訴要求履行：一方可以向法院提起訴訟，要求對方履行協(xié)議中的補償金義務。法院將通過訴訟程序來判決對方支付補償金，并可能視情況加收違約金。

3. 調解機構介入：當一方違約未支付補償金時，另一方可以向相關調解機構申請調解，希望通過協(xié)商解決糾紛，達成補償金支付的協(xié)議。

無論采取哪種方式，強烈建議雙方保留好相關證據(jù)，如離婚協(xié)議書、支付記錄等，以便在需要時能提供給法院或調解機構進行裁決和調解。