如何處理水庫(kù)拆遷違章房屋需要遵循相關(guān)法律法規(guī)和政策。首先，可以與相關(guān)部門如水庫(kù)管理局、城市規(guī)劃部門等取得聯(lián)系，了解拆遷政策和程序。其次，要積極配合相關(guān)部門的工作，如配合進(jìn)行調(diào)查、核實(shí)房屋情況、參與評(píng)估等。如果確實(shí)需要拆遷，可以與相關(guān)部門協(xié)商補(bǔ)償方案，注意維護(hù)自己的合法權(quán)益。同時(shí)，要主動(dòng)配合政府的搬遷安置工作，及時(shí)辦理搬遷手續(xù)，并妥善安置好自己和家人的居住問題。如果出現(xiàn)糾紛或糾紛難以解決，可尋求法律援助或咨詢律師。對(duì)于違法建筑的處理，往往需要根據(jù)具體情況進(jìn)行處罰或拆除，遵循法律程序。總之，處理水庫(kù)拆遷違章房屋需要與相關(guān)部門合作，并按照法律法規(guī)進(jìn)行操作。