股權轉(zhuǎn)讓糾紛可以根據(jù)實際情況選擇不同的部門進行起訴，常見的有以下幾種選擇：

1.人民法院：如果是股權轉(zhuǎn)讓合同糾紛，可以向人民法院提起訴訟。人民法院是國家法律部門，負責司法審判工作，有權審理各類民事糾紛案件。

2.工商行政管理部門：如果涉及到公司的股東權益沖突，可以向工商行政管理部門投訴。工商行政管理部門是負責監(jiān)督和管理公司注冊登記、市場經(jīng)營等事務的政府部門，可以協(xié)助解決糾紛或調(diào)查違規(guī)行為。

3.證券監(jiān)管部門：如果涉及到股權轉(zhuǎn)讓涉及上市公司，可以向證券監(jiān)管部門投訴。證券監(jiān)管部門是負責監(jiān)督和管理證券市場的政府部門，可以協(xié)助調(diào)查證券交易中的違規(guī)行為和糾紛。

總之，對于股權轉(zhuǎn)讓糾紛，應根據(jù)具體情況選擇合適的部門進行起訴或投訴，以便得到及時有效的解決。