農(nóng)村加蓋二樓后期是否會拆遷，取決于多個因素。首先要考慮當?shù)卣恼吆鸵?guī)定，以及城市化進程和城市發(fā)展的方向。如果政府鼓勵農(nóng)村二樓建設，并提供相應的政策支持，那么拆遷的可能性較小。而如果政府對農(nóng)村建筑進行整治、拆遷或改造，以促進新型農(nóng)村建設或?qū)嵤┏青l(xiāng)一體化戰(zhàn)略，那么拆遷的可能性較大。

其次，還需要考慮到土地性質(zhì)和土地使用權的限制。一些農(nóng)村居民的土地使用權是有限期限的，到期后政府可能要求拆遷。此外，如果農(nóng)村二樓所占用的土地成為其他建設項目或公共設施的需要，也可能會導致拆遷。

總之，農(nóng)村加蓋二樓后期是否會拆遷取決于地方政府的政策和規(guī)定，城市化發(fā)展的趨勢，以及土地使用權的限制等因素。建議居民在進行加蓋二樓前應與地方相關部門咨詢，并了解清楚相關政策和規(guī)劃，以做出明智的決策。