南京公司股權糾紛可以通過以下方式解決：首先，雙方可以嘗試通過協(xié)商解決糾紛，在尊重雙方權益的基礎上，爭取達成一致意見。如果協(xié)商無效，可以請第三方調解員介入，幫助雙方尋找解決方案。如果調解失敗，可以將糾紛提交給仲裁機構或法院解決，接受獨立、公正的裁決。另外，如果存在違法行為，可以向相關監(jiān)管部門舉報或申請行政復議。在解決糾紛的過程中，雙方應充分保護自己的合法權益，遵守相關法律法規(guī)，積極尋求合法渠道解決糾紛。