公司股權(quán)糾紛主要是屬于經(jīng)濟(jì)糾紛范疇，一般情況下，可以通過以下部門來處理：

1. 工商行政管理部門：工商行政管理部門負(fù)責(zé)對(duì)注冊(cè)公司的經(jīng)營活動(dòng)進(jìn)行監(jiān)督和管理，如果公司股權(quán)糾紛涉及公司注冊(cè)登記、股東權(quán)益保護(hù)等問題，可以向工商行政管理部門投訴。

2. 人民法院：如果公司股權(quán)糾紛無法通過協(xié)商解決，當(dāng)事人可向人民法院提起訴訟，法院將依法處理并作出判決。

3. 證券監(jiān)管機(jī)構(gòu)：如果公司股權(quán)糾紛涉及上市公司，當(dāng)事人可以向證券監(jiān)管機(jī)構(gòu)舉報(bào)和投訴，例如中國證券監(jiān)督管理委員會(huì)（CSRC）。

4. 公證機(jī)構(gòu)：如果需要對(duì)股東權(quán)益、股東會(huì)議等進(jìn)行公證，可以選擇到公證機(jī)構(gòu)辦理公證手續(xù)。

總之，在處理公司股權(quán)糾紛時(shí)，應(yīng)根據(jù)具體情況選擇合適的部門和機(jī)構(gòu)進(jìn)行投訴、訴訟或公證等處理。同時(shí)，也建議當(dāng)事人在面臨股權(quán)糾紛時(shí)，咨詢專業(yè)律師或法律顧問的意見。