刑事案件不起訴是指在偵查階段，公安機關或檢察機關認為犯罪事實不成立或者證據(jù)不足，不能認定被告人有罪的情況下，不予起訴的一種處理方式。對于絕大多數(shù)的刑事案件不起訴，都不會在公安機關或者檢察機關的記錄中留下痕跡。

在中國，刑事案件偵查的程序主要包括立案、偵查、取證、詢問、調查、起訴等環(huán)節(jié)。在偵查階段，警方或者檢察機關可能會經過調查、集證等方式來確定犯罪事實和證據(jù)，如果認為證據(jù)不足或犯罪事實不成立，就有可能做出不起訴決定。在這種情況下，由于未涉及到法庭審判程序，不起訴通常不會被記錄進犯罪記錄檔案中。

然而，一些特殊的情況可能會導致刑事案件不起訴留下記錄。例如，涉及重大犯罪或者涉及國家安全等案件，即使不起訴，也有可能被列入相關機關的系統(tǒng)中用于備案和記錄。此外，一些涉及惡意報復、虛假舉報、濫用職權等行為的案件如果經過調查核實，被發(fā)現(xiàn)存在故意惡意行為，相關人員可能會受到相應的法律制裁。

總之，通常情況下刑事案件不起訴不會留下記錄。這一舉措是為了保護被調查人的合法權益，避免因為未經法庭審判而形成的不利影響。然而，涉及特殊案件或惡意行為的情況除外。