南通市轉讓股權糾紛的解決方式有多種，以下是一些建議：

1. 協商解決：轉讓雙方可以通過協商解決糾紛，包括召開會議，互相交換意見，尋找解決方案。雙方可以考慮重新協商股權轉讓事宜，包括重新確定價格、股權轉讓比例等。

2. 訴訟解決：如果協商解決失敗或不可行，受損一方可以通過起訴的方式通過法律手段解決糾紛。首先，受害方應咨詢律師，了解相關法律法規(guī)并收集相關證據。然后，可以向有關法院提起訴訟，通過審判解決糾紛。

3. 仲裁解決：轉讓雙方可以通過仲裁機構解決糾紛。當轉讓合同中存在仲裁條款時，轉讓雙方可以根據條款選擇合適的仲裁機構進行仲裁。仲裁是一種相對迅速和經濟的解決糾紛方法，通常比訴訟更便捷。

4. 調解解決：轉讓雙方可以通過第三方的調解幫助解決糾紛。調解過程中，調解員將獨立公正地幫助雙方解決糾紛，并推動達成解決方案。一旦雙方達成協議，可以簽署調解書，使協議具有法律效力。

5. 獨立鑒定：如果爭議的焦點在于股權的估值和交易價值的確定，轉讓雙方可以聘請獨立的第三方機構進行鑒定。鑒定機構可以根據市場行情和公司運營狀況等進行客觀評估，并最終確定公正合理的股權價值。

無論采用哪種方式解決糾紛，雙方應本著誠信和合作的原則，遵守法律法規(guī)，并盡量通過和解的方式解決糾紛，以減少成本和損失。身為一方，應咨詢專業(yè)人士并理性對待糾紛，以達成雙方滿意的解決方案。