股權轉讓有糾紛時，可以采取以下措施來處理：

1. 查明事實：首先要搜集相關證據和文件，了解糾紛的具體情況，包括原始合同、轉讓協(xié)議、資金支付記錄等。查明雙方的權益和義務，確定爭議的焦點。

2. 協(xié)商解決：雙方可以通過友好協(xié)商來解決糾紛。可以聘請專業(yè)的律師或中介機構進行調解，幫助達成雙方都能接受的解決方案。協(xié)商解決通常是最經濟、最快捷的方式。

3. 涉案程序：如果協(xié)商無效，雙方可以選擇訴訟或仲裁程序解決糾紛。根據國家法律和當?shù)厮痉ǔ绦颍崞鹪V訟或仲裁程序，依法維護自己的權益。在程序中，需要提供充分的證據來支撐自己的主張。

4. 尋求專業(yè)幫助：如遇到復雜的股權轉讓糾紛，可以咨詢專業(yè)的律師或法律顧問，獲得專業(yè)法律意見和建議。他們可以幫助評估爭議的程度和可行的解決方案。

5. 執(zhí)行判決：如果糾紛通過法院或仲裁機構最終得出解決方案，雙方應遵守判決的結果，并履行相關的義務。如果一方不履行判決，可以申請強制執(zhí)行，保護自己的權益。

總之，在股權轉讓糾紛中，雙方應該保持冷靜，合法權益的保護是最重要的。在解決糾紛過程中，可以嘗試通過協(xié)商達成一致，如果無法協(xié)商解決，可以依法訴訟或仲裁解決糾紛。