協議離婚三年后，可以根據當地法律程序去辦理離婚的相關手續(xù)。首先，需要向當地人民法院提交一份離婚申請書，并提供相應的材料，如身份證、結婚證、離婚協議書等。法院會對提交的材料進行審查，如果符合法律規(guī)定，則會受理離婚案件。

接下來，法院會組織調解，雙方需在法庭上進行調解，如果調解達成一致，雙方在庭審中就會提出離婚申請書，并簽署相關協議。如果調解未能達成一致，那么法院會依法進行審理，并根據實際情況作出裁決。

一旦法院作出離婚判決，判決生效后，雙方可辦理離婚登記手續(xù)。登記婚姻狀況的部門可以由結婚登記處、民政局等機構負責，需提供離婚判決書、身份證、結婚證等相關材料。

總之，協議離婚三年后的辦理可以按照當地法律程序去辦理，提交申請、參與調解、法院審理、作出裁決以及辦理離婚登記手續(xù)等環(huán)節(jié)都需要遵循相關法律規(guī)定。具體辦理步驟可咨詢當地相關部門獲取詳細信息。