分居離婚訴訟的立案程序如下：

1. 提交起訴狀：當夫妻分居一段時間后，一方決定提出離婚訴訟時，需起草一份起訴狀，并將其提交給當地人民法院。起訴狀應包括雙方姓名、婚姻情況、分居事實、離婚請求等內容。

2. 受理立案：人民法院會對提交的離婚訴訟材料進行審查，如果符合法定條件，符合離婚條件，且沒有其他明顯的案件不受理情況，法院將受理并立案。

3. 送達材料：經過立案后，人民法院會將立案通知書、起訴狀等材料送達給被告一方，告知被告需要提出答辯書。

4. 答辯：被告接到立案通知后，要在法定的時間內提出書面答辯，說明自己的意見和事實情況。如果被告無法提出答辯意見，法院可視為放棄答辯。

5. 舉證質證：在庭審過程中，雙方當事人可提供證據支持自己的主張，并進行互相質證。法院也可根據需要調查取證，獲取相關證據。

6. 審理判決：審理期間，法院會進行調解。如果調解無效，法院將進行裁決，決定是否準予離婚以及分財產、撫養(yǎng)子女等相關事項。判決后，當事人需遵守法院的決定。

7. 生效執(zhí)行：如果雙方不服判決，可以在判決生效后10日內提起上訴。判決生效后，法院將依法進行相關的執(zhí)行程序，確保判決的實施。