民事經(jīng)濟糾紛案件一般要由司法機關處理。具體來說，一般是由人民法院來處理。人民法院是負責審理民事糾紛案件的司法機關，根據(jù)中國法律體系的規(guī)定，人民法院負責解決各種類型的糾紛案件，包括民事經(jīng)濟糾紛案件。

當出現(xiàn)民事經(jīng)濟糾紛時，當事人可以向人民法院提起訴訟，提交相關證據(jù)和材料，接受法院的調查和審判。法院將依法獨立、公正地審理案件，并作出最終的判決，以維護當事人的合法權益。

此外，還有一些專門的法律部門，如司法部門、仲裁機構等也可以處理民事經(jīng)濟糾紛案件。當事人可以根據(jù)相關法律和規(guī)定，選擇合適的機構進行解決。不同的案件可能需要不同的途徑和程序，建議當事人在遇到糾紛時，咨詢專業(yè)人士或法律顧問，以便選擇最適合的處理部門。