民事經(jīng)濟糾紛主要由司法部門負責(zé)處理。在中國，最高人民法院是最高的司法機關(guān)，負責(zé)監(jiān)督全國法院審判工作，包括審理民事案件。各級人民法院都設(shè)立民事法庭或民商事法庭，專門負責(zé)審理民事經(jīng)濟糾紛案件。

民事經(jīng)濟糾紛涉及合同糾紛、侵權(quán)糾紛、勞動爭議等，這些案件在法院審理過程中，可以根據(jù)具體的情況，進行調(diào)解、庭前調(diào)解或者庭審判決等不同方式來解決。

此外，一些國家也成立了獨立的機構(gòu)或委員會來處理民事經(jīng)濟糾紛，如美國的聯(lián)邦貿(mào)易委員會（FTC），負責(zé)處理消費者投訴和商業(yè)詐騙等民事糾紛。這些機構(gòu)在保護消費者權(quán)益和監(jiān)管市場競爭方面發(fā)揮著重要作用。

總的來說，民事經(jīng)濟糾紛的處理涉及多個部門和機構(gòu)，但最高人民法院作為最高司法機關(guān)，負責(zé)統(tǒng)一司法解釋和裁判標準，并監(jiān)督各級法院的審判工作，始終處于主導(dǎo)地位。