股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛的條款在合同中是有效的，但是是否能夠在法院中起到約束作用需要具體問題具體分析。下面是一些相關(guān)討論。

首先，股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛的條款可以作為合同的一部分，對雙方的權(quán)利和義務(wù)進(jìn)行約定。如果在合同中明確規(guī)定了股權(quán)轉(zhuǎn)讓的條件、方式、價格和時間等，當(dāng)發(fā)生糾紛時，法院有可能會根據(jù)合同內(nèi)容來判斷雙方的權(quán)益以及違約責(zé)任。因此，股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛的條款可以起到一定的約束作用。

其次，盡管合同中有明確規(guī)定，但法院在處理股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛時，仍然會根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)、司法解釋和實(shí)際情況進(jìn)行綜合考慮。法院有權(quán)依照法律規(guī)定對股權(quán)轉(zhuǎn)讓行為進(jìn)行審查，并判斷合同是否違反法律、公序良俗等法律原則。如果合同中的某些條款違反了法律規(guī)定，法院有可能不予支持這些條款。

最后，雖然股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛的條款可以起到一定的約束作用，但是在實(shí)際操作中，雙方的合作意愿、實(shí)際行為和真實(shí)意圖等也會對法院的判斷產(chǎn)生影響。如果一方能夠證明對方在簽訂合同時存在欺詐、脅迫等違法行為，則法院有可能判定合同無效，不予支持相關(guān)條款。

因此，股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛的條款在合同中是有效的，但具體能否在法院中起到約束作用，還需要根據(jù)合同的具體內(nèi)容、法律規(guī)定和實(shí)際操作等因素進(jìn)行綜合分析。雙方在簽訂合同時，應(yīng)當(dāng)慎重考慮條款的合理性、合法性，并咨詢專業(yè)律師以獲取合法有效的建議。