農(nóng)村拆遷房違章的處理辦法有以下幾種：

1. 自行整改：當(dāng)農(nóng)村拆遷房發(fā)現(xiàn)違章行為時(shí)，居民可以自行對違建進(jìn)行整改，按照規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行拆除或改造，以達(dá)到合法的要求。整改后，需要向相關(guān)部門申請驗(yàn)收并取得相應(yīng)的合法許可證。

2. 行政處罰：如果居民無法自行整改或未按要求整改，相關(guān)部門可以根據(jù)《城市房屋市政設(shè)施管理法》等相關(guān)法律法規(guī)的規(guī)定，對違法建筑進(jìn)行處罰。處罰內(nèi)容可能包括罰款、強(qiáng)制拆除等。

3. 訴訟處理：當(dāng)違章行為嚴(yán)重影響農(nóng)村拆遷房的安全、環(huán)境等問題，相關(guān)部門可以依法向法院提起訴訟，要求強(qiáng)制拆除或改造。法院會(huì)組織專業(yè)人員進(jìn)行勘察、鑒定，并根據(jù)相關(guān)法律判決結(jié)果作出處理。

4. 整體拆遷重建：對于集中存在違章建筑的農(nóng)村拆遷房，相關(guān)部門可以考慮進(jìn)行整體拆遷重建，將違章建筑全部拆除并進(jìn)行規(guī)范化重建。居民需要按照相關(guān)規(guī)定配合搬遷，并獲得相關(guān)的安置補(bǔ)償。

總之，農(nóng)村拆遷房違章的處理是一個(gè)涉及多個(gè)部門和法律法規(guī)的復(fù)雜過程。居民應(yīng)當(dāng)積極配合相關(guān)部門，按照規(guī)定進(jìn)行整改或搬遷，避免進(jìn)一步的法律糾紛和經(jīng)濟(jì)損失。同時(shí)，相關(guān)部門也應(yīng)加強(qiáng)監(jiān)管和執(zhí)法力度，確保違章建筑的整治工作能夠順利進(jìn)行。