廠房拆遷過度費是指在拆遷過程中，因為政府方面的管理不善、協調不到位等原因，導致被拆遷廠房業(yè)主或承租方需要額外支付的費用。根據相關法律法規(guī)，廠房拆遷過度費用應當由政府進行賠償。

一般來說，廠房拆遷過度費用的賠償方式可以有以下幾種：

1. 合理費用賠償：政府應根據實際情況和市場價格，合理計算被拆遷方需要支付的費用，并對其進行賠償。

2. 補償費用賠償：當被拆遷方已經支付了過多的費用，政府可以在賠償時將其作為補償，以保證被拆遷方的權益。

3. 過渡期間的臨時費用賠償：在拆遷過程中，被拆遷方可能需要支付臨時租金、搬遷費用等，政府應當對這些費用進行賠償。

4. 法律賠償：如果政府在拆遷過程中違法了相關規(guī)定，導致被拆遷方遭受了損失，被拆遷方可以通過法律途徑，要求政府進行賠償。

需要注意的是，被拆遷方在申請賠償時應提供相關證據，如收據、合同、照片、證人證言等，以支持自己的主張。同時，建議被拆遷方在拆遷過程中保留好相關證據，及時與政府進行溝通和協商，以便更好地保護自己的權益。