農(nóng)村合作社的廠房可以強拆，但需要符合相關法律法規(guī)的規(guī)定。根據(jù)我國《城市房地產(chǎn)管理法》及《城市房屋拆遷辦法》，國家有權對符合拆遷條件的房屋進行強制拆除。

在進行農(nóng)村合作社廠房強拆時，政府部門需要具備一定的程序和依據(jù)，例如征地補償方案、因公需或公益性項目所要求的規(guī)劃等。強拆前，政府必須向農(nóng)村合作社提供相應的拆遷通知，并按照法定程序進行公示、協(xié)商和咨詢。

在強拆中，政府需要依法給予農(nóng)村合作社合理的經(jīng)濟補償，確保合作社的利益不受損失。這包括土地補償費用、房屋補償費用、搬遷補償費用等。同時，政府還要承擔保障被拆遷人員住房安置、生活保障等責任。

當然，在實際操作中，政府部門需要尊重農(nóng)村合作社的合法權益，與合作社進行充分的溝通和協(xié)商，以達到雙方的利益平衡。合作社可以尋求法律援助，維護自身權益。同時，政府部門也需要合法合規(guī)，確保拆遷行為能夠符合法律的要求。

總之，農(nóng)村合作社的廠房可以被強拆，但需符合法律法規(guī)的規(guī)定，依法進行并給予合理的補償，同時也需尊重合作社的合法權益，維護公平、公正的拆遷過程。