在農(nóng)村拆遷廠房時，如何補償商鋪是一個重要問題。補償商鋪需要考慮以下幾個方面：

1. 合理評估商鋪價值：在商鋪拆遷補償中，第一步是要對商鋪進行評估，確定其市場價值。這可以通過專業(yè)估價機構(gòu)進行評估，考慮到商鋪的位置、面積、設(shè)施、租金收入等方面。

2. 補償方式選擇：根據(jù)商鋪的實際情況，可以選擇一種或多種補償方式。常見的補償方式包括貨幣補償、其他商鋪替代、租金分成等。根據(jù)商鋪的價值和拆遷政策，可以選擇適當(dāng)?shù)难a償方式。

3. 談判和協(xié)商：在確定補償方式后，需要進行談判和協(xié)商。農(nóng)村拆遷往往涉及多方利益關(guān)系，需要和政府以及其他相關(guān)部門進行協(xié)商。談判和協(xié)商的目標(biāo)是尋求雙方都能接受的解決方案，確保商鋪的合理補償。

4. 法律保護：如果在補償過程中遇到困難或者有爭議，可以尋求法律保護。法律規(guī)定了拆遷補償?shù)南嚓P(guān)規(guī)定和程序，可以通過法律途徑來維護自己的權(quán)益。

總之，農(nóng)村拆遷廠房補償商鋪需要依法依規(guī)進行，合理評估商鋪價值，選擇適當(dāng)?shù)难a償方式，進行談判和協(xié)商，并在需要時尋求法律保護。這樣可以確保商鋪主的合法權(quán)益得到有效保護。