法院確定合同糾紛案由的依據主要有以下幾個方面：

1. 合同條款：法院首先會仔細審查當事人之間簽訂的合同條款，了解每一方的權利和義務，并確定雙方的責任范圍。如果在合同條款中明確約定了爭議解決的方式和程序，法院會按照合同條款進行裁判。

2. 合同性質和目的：法院會對合同的性質進行分析，如是買賣合同、租賃合同、勞動合同等，并研究合同的目的和目標，根據合同存在的問題和爭議判斷糾紛案由。

3. 民事法律規(guī)定：法院還會根據相關的民事法律規(guī)定和條款來判斷案件的性質和案由。民法總則和相關法律法規(guī)提供了對合同糾紛案由的界定，法院會參考這些規(guī)定，判斷合同糾紛是否符合法律條款中的規(guī)定。

4. 訴訟請求：當事人在起訴書中明確提出糾紛問題以及要求法院給予何種判決時，法院會結合起訴書的內容來確定案由。當事人所提出的具體的訴訟請求往往會成為案件劃分案由的重要依據。

5. 判例和司法解釋：法院還會參考類似案件的判例和司法解釋，吸取過去的經驗和教訓，借鑒之前的判決，以便更好地確定合同糾紛案由。對于新情況和新問題，法院也會進行判例創(chuàng)造，為后續(xù)類似案件提供參考。

總之，法院在確定合同糾紛案由時會綜合考慮合同條款、合同性質、法律規(guī)定、當事人的訴訟請求和相關判例，以確保案件能夠得到正確劃分和審理。