合同糾紛起訴法院在處理的時候通常會采取以下步驟：

首先，當原告提起訴訟并提交所有必要的文件和證據(jù)給法院后，法院將對該案件進行立案審查。在審查過程中，法院將檢查訴狀是否符合法定格式要求，并核對原告提交的證據(jù)是否具備合法性。

其次，法院將通知被告相應(yīng)的起訴文件和證據(jù)，并要求被告在規(guī)定的時間內(nèi)提供答辯意見和相關(guān)證據(jù)。被告需要根據(jù)法院的要求提供相關(guān)證明文件或者辯稱原告的指控。

接下來，法院可能會安排開庭審理。在庭審過程中，雙方當事人或代理人可以陳述自己的觀點，并提供證據(jù)來支持自己的主張。法院將對雙方提供的證據(jù)進行審查和評估，并聽取雙方的主張和對庭審中出現(xiàn)的問題的解釋。

最后，法院會根據(jù)雙方當事人提供的證據(jù)和相關(guān)法律條款，進行審理和判斷，并作出裁決。裁決結(jié)果將根據(jù)法律的規(guī)定有法律效力，雙方應(yīng)當遵守法院的裁決，如果有一方不服判決，可以在規(guī)定的時間內(nèi)提起上訴。

總之，合同糾紛起訴法院在處理過程中將遵循公正、公平、合法、法定程序的原則，通過審查、調(diào)查、庭審和裁決等步驟來解決糾紛，維護合同的權(quán)益和法律的尊嚴。