施工單位合同糾紛的處理可以參考以下幾個(gè)步驟：

1. 協(xié)商解決：雙方可以通過協(xié)商的方式盡量避免糾紛的擴(kuò)大?？梢哉业揭粋€(gè)中立的第三方進(jìn)行調(diào)解，或者通過派出專業(yè)人員進(jìn)行實(shí)地勘察，找到問題的根源，并提出解決方案。

2. 法律訴訟：如果協(xié)商無果，可以考慮通過法律程序來解決糾紛。雙方可以向法院提起民事訴訟，提供相應(yīng)的證據(jù)和材料，由法院判決最終結(jié)果。

3. 仲裁：在合同中可以約定仲裁條款，可以選擇由仲裁機(jī)構(gòu)進(jìn)行仲裁，以便快速解決糾紛。仲裁的結(jié)果具有法律效力，可以強(qiáng)制執(zhí)行。

4. 調(diào)解：如果雙方同意，可以通過調(diào)解的方式解決糾紛。調(diào)解可以由行業(yè)協(xié)會(huì)、政府部門等提供相關(guān)的調(diào)解服務(wù)，達(dá)成和解協(xié)議。

無論選擇哪種方式解決合同糾紛，雙方都應(yīng)當(dāng)充分了解自己的權(quán)益和義務(wù)，并妥善保留相關(guān)證據(jù)和材料，以支持自己的主張。同時(shí)，尋求法律專業(yè)人士的意見和幫助也是非常重要的。