審核涉稅合同糾紛案件需要遵循一定的程序和原則，以下是一般的審核步驟：

1. 查閱案卷資料：首先，審核人員需要詳細閱讀案卷中的相關合同、范本、發(fā)票、證明文件等。這有助于對案件的事實和法律依據有一個初步的了解。

2. 分析糾紛焦點：通過仔細分析案件材料，找出案件中的糾紛焦點，例如合同履行情況、稅收計算方法等。同時，要注意識別各方當事人的權益和義務。

3. 考慮適用法律法規(guī)：在審核過程中，審核人員需要考慮適用的稅收法律法規(guī)，比如稅收優(yōu)惠政策、稅務規(guī)范等。根據這些法規(guī)，評估糾紛案件的合法性。

4. 查找相關證據：根據案件材料和當事人提供的證據，準確評估案件的真實情況。此外，也可能需要進一步調查和詢問當事人，收集更多的證據支持。

5. 判斷事實和責任：根據收集到的證據，判斷案件中各方的行為是否符合合同和法律的規(guī)定，進而決定責任的歸屬。這需要審核人員對稅法法律有一定的理解和應用能力。

6. 制定審核結論：在所有的審核和評估工作完成后，審核人員需要撰寫一份詳細的審核結論報告，陳述案件事實、分析糾紛焦點、說明適用法律法規(guī)依據，并給出清晰的評估意見。

總之，審核涉稅合同糾紛案件需要綜合運用稅法、合同法等相關法律法規(guī)，明確案件的事實和糾紛焦點，并根據這些分析出合理的審核結論。審核人員需要具備扎實的法律知識和分析能力，以確保審核過程的客觀和公正性。