施工合同糾紛申請仲裁的程序如下：

1. 準(zhǔn)備材料：準(zhǔn)備相關(guān)證據(jù)材料，包括合同、付款憑證、通信記錄等，以證明自己的權(quán)益受到了侵害。

2. 聯(lián)系仲裁機(jī)構(gòu)：根據(jù)合同中的約定或者當(dāng)?shù)胤梢?guī)定，選擇符合條件的仲裁機(jī)構(gòu)，向其提交申請書，并按照要求繳納申請費(fèi)用。

3. 提交申請：填寫并遞交仲裁申請書，詳細(xì)描述合同糾紛的情況，并附上相關(guān)證據(jù)材料。

4. 等待受理：仲裁機(jī)構(gòu)收到申請后，會進(jìn)行初步審查，確認(rèn)符合申請條件后，會正式受理申請，向?qū)Ψ桨l(fā)出仲裁通知。

5. 安排聽證：仲裁機(jī)構(gòu)會根據(jù)申請人和被申請人的意見，確定聽證的時間、地點(diǎn)和主持人，并通知雙方參加。

6. 進(jìn)行仲裁：在聽證會上，雙方可以陳述自己的觀點(diǎn)和提供證據(jù)，并由仲裁員進(jìn)行調(diào)解或裁決。

7. 裁決生效：仲裁員根據(jù)聽證會的結(jié)果做出裁決，并將裁決書發(fā)給申請人和被申請人。裁決書生效后，雙方應(yīng)按照裁決結(jié)果進(jìn)行執(zhí)行。

在申請仲裁過程中，申請人應(yīng)注意遵守仲裁機(jī)構(gòu)的相關(guān)規(guī)定，積極配合，提供必要的證據(jù)材料，并及時履行繳費(fèi)等手續(xù)，以確保申請順利受理和公正的仲裁結(jié)果的產(chǎn)生。