工程合同糾紛的處理方式主要包括以下幾個(gè)步驟：

1. 協(xié)商解決：雙方可通過直接對話或委托第三方進(jìn)行調(diào)解，尋求達(dá)成和解協(xié)議。在協(xié)商解決過程中，雙方應(yīng)明確表述各自的訴求和利益，并尋求互惠互利的解決辦法。

2. 調(diào)解處理：如果協(xié)商無果，雙方可以向有關(guān)行業(yè)協(xié)會(huì)、仲裁機(jī)構(gòu)或當(dāng)?shù)卣{(diào)解機(jī)構(gòu)申請調(diào)解。調(diào)解機(jī)構(gòu)會(huì)派出專業(yè)人員介入糾紛處理，通過聽取雙方陳述、查閱相關(guān)證據(jù)，幫助雙方達(dá)成調(diào)解協(xié)議。

3. 仲裁程序：如果調(diào)解未能解決爭議，雙方可以通過仲裁程序解決。雙方可以向有資質(zhì)的仲裁機(jī)構(gòu)遞交仲裁申請，仲裁機(jī)構(gòu)將組織一名或多名仲裁員進(jìn)行審理，并作出仲裁裁決，具有法律效力。

4. 提起訴訟：作為最后的解決辦法，雙方可以將爭議提交法院處理。在訴訟過程中，雙方需要提供相應(yīng)的證據(jù)和材料，法院將依法審理案件，并作出判決。

在處理工程合同糾紛時(shí)，雙方應(yīng)盡量保持冷靜和理性，避免激化糾紛。同時(shí)，保留相關(guān)證據(jù)和合同文件是解決糾紛的關(guān)鍵。最重要的是，及時(shí)尋求法律專業(yè)人士的幫助，以便能夠獲得準(zhǔn)確的法律意見和指導(dǎo)。