貨物運輸合同糾紛處理的方式包括以下幾個步驟：

1. 協(xié)商解決糾紛：首先，雙方應該通過友好協(xié)商的方式，盡可能達成解決方案?？梢酝ㄟ^面談、書面溝通或第三方斡旋，共同商討解決方案。協(xié)商解決糾紛的優(yōu)勢在于可以節(jié)約時間和成本，同時也有助于維護雙方關系。

2. 調(diào)解解決糾紛：如果雙方無法自行解決糾紛，可以考慮尋求專業(yè)調(diào)解機構(gòu)的幫助，進行調(diào)解。調(diào)解員會以中立的角色，了解雙方爭議的事實和要求，并提供中肯的建議和方案。調(diào)解的目的是達成雙方都能接受的妥協(xié)。

3. 仲裁解決糾紛：如果協(xié)商和調(diào)解都未能解決糾紛，雙方可以根據(jù)合同中約定的仲裁條款或者協(xié)議申請仲裁。仲裁是一種法律強制執(zhí)行的民間解決糾紛方法。雙方將爭議提交給仲裁機構(gòu)，由仲裁員進行公正、公平的裁決。雙方必須尊重裁決結(jié)果，并根據(jù)結(jié)果履行相應的義務。

4. 訴訟解決糾紛：如果協(xié)商、調(diào)解和仲裁均未能解決糾紛，雙方可以選擇提起訴訟。訴訟是最后的手段，通過法律途徑解決爭議。在法院受理后，雙方將按照法律程序進行辯論和證明。法官將根據(jù)法律的規(guī)定和證據(jù)的證實，做出判決，并要求一方或雙方執(zhí)行判決。

總的來說，解決貨物運輸合同糾紛的方式包括協(xié)商、調(diào)解、仲裁和訴訟。根據(jù)具體情況選擇合適的解決方式，并與法律專家進行咨詢指導，以確保合法權(quán)益的維護。