農村商店房屋拆遷的賠償問題主要是根據(jù)《城市房屋拆遷管理條例》進行規(guī)定。根據(jù)相關法規(guī)，農村商店房屋的拆遷賠償包括房屋補償和經營補償兩部分。

房屋補償主要是根據(jù)被征收房屋的建筑面積、房屋等級和地段等因素進行計算，并結合當?shù)氐姆績r指導價確定賠償金額。賠償金額一般是按照一定比例進行補償，通常會按照拆遷房屋的市場價的80% - 100%來計算。

經營補償主要是針對商店的商業(yè)經營權進行賠償。根據(jù)拆遷政策，被拆遷商店的經營者可以獲得一定程度的經營損失補償，具體金額一般是按照過去幾年的經營狀況、納稅情況、租金收入等進行評估。

此外，根據(jù)實際情況，也可以考慮其他賠償方式，如提供安置房、物業(yè)使用權等。

綜上所述，農村商店房屋拆遷的賠償主要包括房屋補償和經營補償兩部分，具體金額將根據(jù)房屋和經營情況進行評估，并參考當?shù)氐牟疬w政策來確定。