拆遷違章廠房的辦理流程如下：

1. 初步調(diào)查：了解違章工程的基本情況，包括建筑面積、用地性質(zhì)等。

2. 調(diào)查取證：核實(shí)違章工程的存在并進(jìn)行詳細(xì)調(diào)查，收集相關(guān)證據(jù)材料。

3. 處理決定：由有關(guān)部門(mén)根據(jù)法律法規(guī)作出相應(yīng)處理決定，決定拆除違章工程或要求重新辦理相關(guān)手續(xù)。

4. 相關(guān)手續(xù)：根據(jù)處理決定拆除違章工程或重新辦理相關(guān)手續(xù)，如重新申請(qǐng)建設(shè)許可證等。

5. 合法拆除：由相關(guān)部門(mén)組織對(duì)違章工程進(jìn)行合法拆除，確保拆除過(guò)程安全、合法。

6. 補(bǔ)償安置：根據(jù)政策規(guī)定，對(duì)原廠房拆除人員進(jìn)行合理的補(bǔ)償和安置。

7. 監(jiān)管驗(yàn)收：由相關(guān)部門(mén)對(duì)拆除后的場(chǎng)地進(jìn)行監(jiān)管驗(yàn)收，確保拆遷合法有效。

8. 后期管理：對(duì)拆遷后的用地進(jìn)行規(guī)劃利用，確保合理開(kāi)發(fā)利用，促進(jìn)城市發(fā)展。

因此，拆遷違章廠房的辦理需要按照相關(guān)程序進(jìn)行，合理調(diào)查，依法處置，確保合法拆除并妥善處理后續(xù)事務(wù)，同時(shí)確保拆遷后的土地合理利用，促進(jìn)城市發(fā)展。