企業(yè)股東權(quán)利糾紛可以通過以下幾種方式來處理：

1. 雙方協(xié)商解決：股東之間可以通過協(xié)商來解決糾紛，如重新分配股權(quán)、調(diào)整公司治理結(jié)構(gòu)等。

2. 股東協(xié)議或章程約定：企業(yè)可以在股東協(xié)議或章程中明確規(guī)定解決糾紛的方式和程序，如通過仲裁、調(diào)解或仲裁等方法來解決。

3. 訴訟解決：如果無法通過協(xié)商或章程約定解決糾紛，股東可以選擇通過訴訟來解決，向相關(guān)法院提起訴訟，由法院判決解決爭議。

4. 獨立仲裁或調(diào)解機構(gòu)：當(dāng)股東無法達成一致時，可以委托獨立的仲裁或調(diào)解機構(gòu)進行調(diào)解，通過第三方的中介作用來解決糾紛。

總之，解決企業(yè)股東權(quán)利糾紛需要充分尊重各方權(quán)益，盡量通過協(xié)商、約定或第三方機構(gòu)來解決，以保持企業(yè)的穩(wěn)定和可持續(xù)發(fā)展。