拆遷企業(yè)在處理公司廠房和商鋪時，需要考慮以下幾個方面：

1. 拆遷政策：拆遷企業(yè)需要了解當地的拆遷政策和法規(guī)，明確拆遷范圍和要求。根據政策要求，合理安排公司廠房和商鋪的拆遷處理。

2. 補償方案：拆遷企業(yè)需要與相關部門協(xié)商并制定合理的補償方案，確保對公司廠房和商鋪的權益進行合理保護。補償方案應考慮到房屋的實際價值、租賃收入和企業(yè)經營的損失等。

3. 重新安置：如果拆遷企業(yè)需要重新安置公司廠房和商鋪，需要積極與相關部門溝通和協(xié)商，爭取得到合適的地塊和場所。同時，企業(yè)需要將新的位置離企業(yè)的供應鏈、市場和客戶等相關因素考慮在內，以確保生產和經營的順利進行。

4. 保障員工權益：拆遷企業(yè)需要與員工進行充分溝通，遵循勞動法律法規(guī)，保障員工的合法權益。企業(yè)需要與員工協(xié)商，確保員工的工作環(huán)境和生活條件不受影響，并盡可能地提供一定的安置和補償方案。

5. 合規(guī)操作：在處理公司廠房和商鋪時，拆遷企業(yè)需要按照相關法律法規(guī)進行操作，保證整個拆遷過程合規(guī)合法。遵守土地使用權、拆遷補償、合同約定等方面的法律和規(guī)定，確保拆遷過程的合法性和公正性。

在處理公司廠房和商鋪的拆遷問題中，拆遷企業(yè)需要與地方政府、相關部門、員工和業(yè)主等各方進行充分溝通和協(xié)商，爭取最佳的解決方案。同時，企業(yè)應積極主動地了解相關政策法規(guī)，并咨詢專業(yè)律師或顧問，以確保自身的合法權益得到保護。