在進行拆遷廠房并補償公司企業(yè)時，應該遵循公平、合理和合法的原則，確保企業(yè)的合法權益得到有效保護。以下是一些拆遷廠房應該補償公司企業(yè)的主要考慮因素：

1. 市場價格：應根據(jù)當?shù)厥袌鰞r格評估企業(yè)的房屋、土地和設備的價值，并在拆遷過程中提供合理的經濟補償。

2. 產權保護：應確保公司企業(yè)的產權得到妥善保護，進行合法的過戶手續(xù)，并及時提供相關證明文件。

3. 資產搬遷：如果公司企業(yè)需要遷移，拆遷方應提供必要的幫助和支持，包括適當?shù)陌徇w費用和適宜的經營環(huán)境。

4. 人員安置：如果拆遷導致公司企業(yè)的員工失去工作，拆遷方應提供適當?shù)陌仓梅桨福ㄌ峁┚蜆I(yè)機會、培訓機會和轉崗補貼等。

5. 周邊環(huán)境：如果拆遷導致公司企業(yè)的經營環(huán)境發(fā)生變化，拆遷方應承擔相應責任，確保新環(huán)境對企業(yè)的影響最小化，并提供必要的支持。

6. 法律合規(guī)：在進行拆遷廠房并補償公司企業(yè)時，應嚴格遵守相關法律法規(guī)，確保補償方案的合法性和有效性。

總之，拆遷廠房應該補償公司企業(yè)時，應該充分考慮企業(yè)的合法權益和實際情況，確保企業(yè)能夠順利進行業(yè)務遷移并正常經營。同時，政府和拆遷方應加強溝通，與企業(yè)就補償方案進行充分協(xié)商，達成雙方都滿意的協(xié)議。這樣才能保證拆遷過程的公正性和合理性。