土地合同糾紛案件的處理可以分為以下幾個步驟：

1. 調(diào)查取證：首先，需對糾紛案件的有關事實進行調(diào)查取證，包括收集相關的合同文件、支付憑證、協(xié)議、證據(jù)等。

2. 處理方式：針對土地合同糾紛案件，可以采取多種處理方式，包括和解、調(diào)解、仲裁或訴訟等。

- 和解：通過雙方協(xié)商達成一致，解決糾紛，并簽署和解協(xié)議。和解可以幫助雙方減少成本、保護企業(yè)聲譽，但需要注意和解協(xié)議的合法性和可執(zhí)行性。

- 調(diào)解：當雙方無法自行解決時，可以申請由人民調(diào)解委員會組織的調(diào)解。調(diào)解是一種強制性的非訴訟程序，通過調(diào)解員的協(xié)調(diào)，促使雙方達成協(xié)議。調(diào)解的優(yōu)勢在于節(jié)省時間和費用，保持關系和諧。

- 仲裁：如果糾紛不能通過和解或調(diào)解解決時，可以選擇進行仲裁。當事人可以約定具體的仲裁機構，由專業(yè)的仲裁員對糾紛進行裁決。仲裁裁決具有可執(zhí)行性，但當事人雙方必須自愿接受。

- 訴訟：如果無法通過和解、調(diào)解或仲裁解決時，可以選擇將糾紛提交給法院進行訴訟。在法庭上，雙方將提供證據(jù)并進行辯論，法官將作出判決。

3. 法律維權：為了保障自身權益，當事人可以尋求法律專業(yè)人士的幫助，包括律師、仲裁員、法官等。他們會根據(jù)具體案情提供法律咨詢和專業(yè)建議。

無論采取何種處理方式，關鍵是了解相關法律法規(guī)，保持溝通，尋求公正和合理的解決方案。同時，及時采取措施保護自身權益，避免可能的進一步損失。