股權合同糾紛是指在股權轉讓、股東權益分配、公司治理等方面產生爭議，并最終導致合同雙方無法達成一致意見。在處理股權合同糾紛時，需要采取一系列的措施來排除妨害。

首先，確定爭議焦點和事實依據。雙方應明確爭議的核心問題，并搜集與該問題相關的各項證據。這包括股權轉讓協(xié)議、公司章程、股權登記簿等。通過詳細的調查和審查，可以初步確定事實依據，為后續(xù)解決爭議提供支持。

其次，盡快啟動調解或仲裁程序。在股權糾紛中，當雙方無法通過協(xié)商解決爭議時，可以選擇訴訟、調解或仲裁等方式解決爭議。調解是一種相對迅速和經濟的方式，可以由專業(yè)的調解員協(xié)助雙方達成和解。仲裁則需要選擇合格的仲裁機構，根據仲裁協(xié)議進行程序上的處理。及早啟動調解或仲裁程序，有助于盡早解決爭議。

第三，充分發(fā)揮證據的作用。證據是解決糾紛的關鍵。雙方應注意保全和固定證據，包括書面證據和口頭證據。如果雙方有證據能夠證明自己的權益或要求，需要在訴訟、調解或仲裁中進行充分的證明和闡述。同時，對方提供的證據也需要進行嚴密的分析和駁斥，以保障自身權益。

第四，積極協(xié)商解決糾紛。雙方可以通過律師等專業(yè)人士的協(xié)助，進行積極的協(xié)商和溝通。在協(xié)商過程中，要注意維護雙方的合法權益，尋求雙方都能接受的解決方案，避免爭議進一步升級。

第五，合法維權。如果對方采取不合法的行動妨礙解決糾紛，雙方有權采取法律手段維護自身合法權益。這包括申請司法保全措施、提起訴訟等。合法維權有助于排除妨害，保障自身權益。

總之，股權合同糾紛的解決需要采取多種措施來排除妨害。通過明確爭議焦點和事實依據，啟動調解或仲裁程序，發(fā)揮證據作用，積極協(xié)商解決糾紛，以及合法維權等方式，可以幫助雙方妥善解決糾紛，維護自身權益。