股權轉(zhuǎn)讓合同糾紛是指因股權轉(zhuǎn)讓合同的訂立、履行等方面出現(xiàn)爭議而引發(fā)的糾紛。申請股權轉(zhuǎn)讓合同糾紛的方式主要有以下幾種：

1. 協(xié)商解決：雙方當事人可以通過協(xié)商的方式解決糾紛，如果能夠達成一致意見，可以簽訂和解協(xié)議，終止合同以及已發(fā)生的爭議；

2. 裁決仲裁：如果雙方無法協(xié)商解決糾紛，可以依據(jù)合同中的仲裁條款或者共同商定，向仲裁機構申請仲裁，由仲裁機構對糾紛進行獨立、公正的裁決；

3. 提起訴訟：如果雙方無法通過協(xié)商或仲裁解決糾紛，可以向人民法院提起訴訟，將爭議提交司法機構審理；

在申請股權轉(zhuǎn)讓合同糾紛時，當事人應準備相關證據(jù)材料，比如股權轉(zhuǎn)讓合同、相關支付憑證、電子郵件或短信等文字證據(jù)，以及其他能夠證明自己權益的相關證據(jù)。此外，申請時需要按照法定程序填寫申請書，并繳納相應的申請費用。

最后，無論采取什么方式解決股權轉(zhuǎn)讓合同糾紛，當事人應當根據(jù)具體情況選擇合適的解決方式，并咨詢專業(yè)的法律意見。