合同糾紛保證金的賠償方式根據(jù)當事人之間的合同約定和相關法律規(guī)定。通常情況下，合同糾紛保證金的賠償方式包括以下幾種：

1. 返還：如果發(fā)生合同糾紛，當事人一方可以要求對方返還保證金。在合同生效之前，當事人可以協(xié)商約定返還保證金的方式和時間，一般是合同解除或終止之后的一定時間內返還。

2. 抵扣：當事人一方可以要求對方將保證金抵扣到合同糾紛的解決費用、違約金或損失賠償上。當事人應當提供充分的證據(jù)來證明對方的違約行為或造成的損失。

3. 索賠：當事人一方可以將保證金作為賠償?shù)囊徊糠诌M行索賠。當事人要提供確鑿的證據(jù)證明對方的違約行為或造成的損失，并且提出合理的賠償金額。

需要注意的是，賠償金額一般是根據(jù)實際損失計算而來。如果當事人的違約行為或損失超過了保證金的金額，可以要求對方額外賠償。另外，保證金的退還或抵扣應當在合理的時間內進行，否則可能構成違約。

合同糾紛保證金的賠償方式還可能受到相關法律法規(guī)的限制或約定，因此在具體案件中，還需要根據(jù)當?shù)胤梢约昂贤木唧w約定來進行解決。在處理合同糾紛時，對于保證金的賠償方式，當事人應該充分了解和尊重法律法規(guī)，以確保自身權益的保護。