商鋪拆遷與工廠賠償屬于不同的領域，具體的賠償方式需要根據地方政府法律法規(guī)和雙方協(xié)商來決定。然而，在一些一般的情況下，商鋪拆遷應該如何賠償工廠可以遵循以下原則和步驟：

1. 權益保護：政府拆遷商鋪應與工廠進行充分的溝通，確保工廠的合法權益得到最大程度的保護，不受損害。

2. 公平合理：賠償應該以公平和合理的原則為基礎，考慮到工廠的資產價值、經營收入、品牌形象、勞動力成本等因素，確定合理的賠償標準。

3. 賠償協(xié)商：政府和工廠應該進行協(xié)商，確定雙方都能接受的賠償方式和金額?？梢詤⒖碱愃频貐^(qū)的賠償慣例，也可以請專業(yè)的評估機構評估賠償標準。

4. 臨時補償：在商鋪拆遷期間，政府應及時進行臨時補償，保證工廠正常運營，避免造成不必要的經濟損失。

5. 轉移安置：如果工廠需要搬遷到新的地方，政府應提供合適的地塊或廠房，并承擔搬遷費用、裝修費用等，并確保新址的基礎設施和環(huán)境條件能夠滿足工廠的生產需求。

6. 成本補償：政府應承擔因商鋪拆遷而造成的額外成本，例如搬遷費用、勞動力成本增加或者產能的消耗等。

7. 經濟補償：政府應向工廠給予一定的經濟補償，以彌補工廠由于商鋪拆遷而導致的經濟損失。補償金額可以考慮工廠的價值和收益，也可以根據工廠的投資回報率來確定。

8. 特殊需求：如果工廠有特殊的需求，例如需要短期內完成訂單或者繼續(xù)供應商鋪的產品等，政府應該根據實際情況提供相應的支持和協(xié)助，保障工廠的正常運營。

總之，商鋪拆遷應該賠償工廠需要考慮到工廠的利益和合法權益，以公平、合理的原則為基礎進行協(xié)商，并根據實際情況提供相應的賠償和支持，確保工廠的正常運營和穩(wěn)定發(fā)展。