合作合同糾紛在法院的判決結果通常取決于各方提供的證據、法律規(guī)定以及合同條款等因素。下面是一些可能影響法院判決的一般因素：

1. 合同是否有效：法院將首先考慮合同的有效性。如果合同存在違法、無效的條款或法律規(guī)定，則法院可能會判定合同無效。

2. 合同的最終意圖：法院將根據合同當事人的真正意圖來解釋合同條款。在合作合同中，雙方當事人的意圖通常是合作實現共同利益。如果一方當事人違背了合同的最終意圖，法院可能會以此為依據做出判決。

3. 合同履行情況：法院將檢查合同雙方的履行情況。如果一方當事人未能按照合同的規(guī)定履行義務，法院可能會判定該方違約，并可能要求該方賠償另一方的損失。

4. 合同的解釋：如果合同條款存在爭議或模糊的地方，法院將會解釋這些條款。法院可能會查看合同雙方的交流記錄、業(yè)界慣例以及合同背景等來解決爭議。

5. 違約賠償：如果一方違約，法院將會考慮違約方應支付給另一方的賠償金額。法院可能考慮到實際損失、合同中約定的違約賠償金額以及相關法律規(guī)定等來作出決定。

6. 故意違約或欺詐：如果一方當事人故意違約或采取欺詐行為，法院可能會根據相關法律規(guī)定判定該方應承擔額外的處罰或懲罰性賠償。

總之，合作合同糾紛在法院的判決結果取決于各方提供的證據和法律依據。法院將根據合同條款、合同履行情況以及當事人的意圖等因素來做出公平、合理的判決。