企業(yè)拆遷農(nóng)民宅基地時(shí)，如果商鋪受到影響，應(yīng)進(jìn)行適當(dāng)?shù)馁r償。具體賠償方式可以參考以下幾點(diǎn)：

1. 商鋪經(jīng)營損失補(bǔ)償：企業(yè)可以根據(jù)商鋪的經(jīng)營情況、年利潤等因素，補(bǔ)償商鋪由于拆遷導(dǎo)致的經(jīng)營損失。補(bǔ)償金額可根據(jù)商鋪所在位置、面積、租金市場行情等因素確定。

2. 搬遷費(fèi)用補(bǔ)償：企業(yè)應(yīng)該為商鋪的搬遷提供必要的費(fèi)用支持，包括搬遷費(fèi)用、裝修費(fèi)用等。根據(jù)商鋪的面積、裝修程度等因素，確定合理的搬遷費(fèi)用補(bǔ)償金額。

3. 配套服務(wù)補(bǔ)償：企業(yè)可以提供一定的配套服務(wù)，以降低商鋪拆遷給商戶帶來的不便。例如，提供新店面的選址幫助、推廣活動支持等，從而減少商戶的經(jīng)營風(fēng)險(xiǎn)。

4. 優(yōu)惠政策補(bǔ)償：企業(yè)可以通過給商戶提供優(yōu)惠政策來進(jìn)行補(bǔ)償。例如，在新的商鋪位置上，給予一定的租金減免、宣傳推廣支持等優(yōu)惠措施，以保障商戶在新位置上的商業(yè)利益。

總的來說，企業(yè)在拆遷農(nóng)民宅基地時(shí)，應(yīng)依據(jù)實(shí)際情況和相關(guān)政策，合理補(bǔ)償商鋪。補(bǔ)償?shù)男问娇梢园ń?jīng)營損失補(bǔ)償、搬遷費(fèi)用補(bǔ)償、配套服務(wù)補(bǔ)償和優(yōu)惠政策補(bǔ)償?shù)?。通過合理的賠償安排，能夠保護(hù)商戶的利益，減少拆遷對商戶經(jīng)營帶來的不利影響。