公司合同糾紛的調(diào)解可以通過(guò)以下幾種方式進(jìn)行：

1. 協(xié)商調(diào)解：雙方當(dāng)事人可以自行協(xié)商解決糾紛。他們可以通過(guò)溝通、妥協(xié)和互讓的方式達(dá)成一致，并簽署調(diào)解協(xié)議。在協(xié)商過(guò)程中，雙方可以尋求法律專業(yè)人士的建議和幫助，以確保協(xié)商結(jié)果合法有效。

2. 特許調(diào)解：當(dāng)雙方無(wú)法在協(xié)商過(guò)程中達(dá)成一致時(shí)，可以請(qǐng)一位獨(dú)立的第三方專業(yè)人士擔(dān)任特許調(diào)解員。特許調(diào)解員將聽(tīng)取雙方當(dāng)事人的陳述和觀點(diǎn)，并嘗試引導(dǎo)他們尋找共同的解決方案。特許調(diào)解員的決定具有約束力，并且可以作為法律依據(jù)。

3. 仲裁：雙方可以選擇將糾紛提交給獨(dú)立的仲裁機(jī)構(gòu)，由專業(yè)的仲裁員組成仲裁庭處理。仲裁庭將依據(jù)雙方當(dāng)事人提供的證據(jù)和法律規(guī)定，作出公正的仲裁裁決。仲裁裁決具有與法院判決相當(dāng)?shù)男Я?，被視為終局。

4. 訴訟：如果雙方無(wú)法通過(guò)協(xié)商、調(diào)解或仲裁解決糾紛，可以選擇向法院起訴。法院將根據(jù)相關(guān)法律和證據(jù)來(lái)裁決糾紛。訴訟一般是最后的解決方式，常需要大量時(shí)間和費(fèi)用。

無(wú)論采用何種方式進(jìn)行調(diào)解，雙方當(dāng)事人應(yīng)積極配合，并遵循相關(guān)法律程序，盡量達(dá)到公平和公正的解決。另外，尋求專業(yè)法律意見(jiàn)也是解決合同糾紛的重要步驟。