對于公司借款合同糾紛的處理，可以采取以下步驟：

首先，雙方應當協(xié)商解決，通過友好協(xié)商或者調(diào)解、仲裁等方式解決糾紛；

第二，如果協(xié)商無果，可以尋求法律途徑解決，向相關法院提起訴訟；

第三，出示借款合同和相關證據(jù)，證明借款事實和借貸關系；

第四，法院依法審理，根據(jù)合同約定、法律規(guī)定等，判決糾紛的責任方和返還借款等事項；

最后，根據(jù)法院判決結果，雙方根據(jù)判決履行義務，如判決金額支付等。這就是處理公司借款合同糾紛的一般步驟。