認(rèn)定工程合同糾紛案件需要綜合考慮以下幾個方面：

1. 是否存在合同關(guān)系：首先要判斷雙方是否簽訂了工程合同，是否有合同文件或書面記錄。如果沒有簽訂正式的合同文件，可以通過證據(jù)、郵件、短信等其他書面材料來證明雙方之間存在工程合同關(guān)系。

2. 合同條款的約定：要仔細(xì)閱讀合同條款，確定雙方在工程合同中的權(quán)利和義務(wù)，并判斷工程是否按照約定進(jìn)行。

3. 施工過程和驗收程序：查看合同中約定的工程進(jìn)度、質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)和驗收程序等，評估工程進(jìn)展情況，并根據(jù)實(shí)際施工和驗收的情況來判斷是否存在合同違約。

4. 施工質(zhì)量和安全：評估工程的質(zhì)量和安全情況，包括施工過程中的合規(guī)性、施工圖紙的符合性以及工程完成后的驗收結(jié)果等。如果工程質(zhì)量不達(dá)標(biāo)或存在安全隱患，可認(rèn)定為合同違約。

5. 證據(jù)的收集：收集相關(guān)的證據(jù)來證明工程合同糾紛，包括合同文件、施工記錄、支付證明、通信記錄、見證人證言等。

6. 專業(yè)審查：根據(jù)工程的專業(yè)性質(zhì)，可以請相關(guān)專業(yè)人員進(jìn)行實(shí)地勘察和專業(yè)審查，以了解工程的實(shí)際情況、合同約定是否符合行業(yè)規(guī)范，是否存在施工質(zhì)量等問題。

綜上所述，認(rèn)定工程合同糾紛案件需要綜合考慮合同簽訂情況、合同約定、施工過程和驗收結(jié)果、工程質(zhì)量和安全情況等多方面的因素，并收集相關(guān)證據(jù)進(jìn)行綜合分析和判斷。需要盡量客觀、全面地評估每個方面的情況，以便做出準(zhǔn)確的認(rèn)定。