當發(fā)生非法合同糾紛時，法院會按照相關(guān)法律法規(guī)進行處理。首先，當受害方發(fā)現(xiàn)合同存在非法內(nèi)容或被迫簽訂合同時，可以向法院提起訴訟。法院會受理案件，并依法組成合議庭進行審理。

在審理過程中，法院會考慮雙方當事人的陳述和提供的證據(jù)，以確定合同是否存在非法性質(zhì)。如果合同的內(nèi)容違法、違反公序良俗，或者在簽訂合同時存在惡意欺詐、威脅、強迫等行為，法院會判決合同無效，并對違法行為做出相應(yīng)的懲罰。

當法院判決合同無效后，會根據(jù)實際情況進行補償和賠償。對于受害方而言，可以要求對方返還已支付的款項，并要求對方賠償因此造成的損失。

總的來說，法院在處理非法合同糾紛時，會通過對案件的審理和判決，保護受害方的權(quán)益，并對違法行為進行制裁。