運輸合同糾紛的成本計算主要涉及以下幾個方面：

1. 運輸費用：運輸合同的成本計算首先要考慮的是運輸費用，包括貨物的運輸費用、裝卸費用、保險費用等。根據(jù)合同約定及實際情況，可以通過核實運輸單據(jù)、相關(guān)費用憑證以及多方協(xié)商等方式，確定具體的運輸費用。

2. 進出口關(guān)稅和稅金：在國際貨物運輸合同中，涉及跨國運輸?shù)呢浳锟赡苄枰Ц哆M出口關(guān)稅和稅金，這些費用也應(yīng)納入成本計算范圍。根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)和海關(guān)報關(guān)文件，可以確定應(yīng)支付的關(guān)稅和稅金金額。

3. 延誤及違約金：根據(jù)具體的運輸合同及條款，如當一方未按約定時間進行交貨或收貨，引起違約，則另一方可能有權(quán)要求支付延誤及違約金。成本計算時，應(yīng)綜合考慮時間及金額等要素，計算出相應(yīng)的延誤及違約金。

4. 仲裁及訴訟費用：如果雙方無法通過協(xié)商解決糾紛，可能需要進行仲裁或訴訟程序來解決。相關(guān)仲裁及訴訟費用包括仲裁費、律師費、調(diào)查取證費等。在成本計算中應(yīng)該將這些費用納入考慮范圍。

綜上所述，運輸合同糾紛的成本計算涉及運輸費用、進出口關(guān)稅和稅金、延誤及違約金以及仲裁及訴訟費用等多個方面。根據(jù)具體情況，并結(jié)合相關(guān)證據(jù)、法律法規(guī)及合同約定，可以計算出合理的成本金額。