運(yùn)輸合同糾紛一般會通過以下幾種方式進(jìn)行賠償：

1.合同履行：根據(jù)運(yùn)輸合同的約定，雙方應(yīng)當(dāng)按照約定的時間、方式和標(biāo)準(zhǔn)履行合同。如果一方未能按時履行，對方可以要求其履行合同，并承擔(dān)相應(yīng)的違約責(zé)任。

2.違約金：運(yùn)輸合同中通常會約定雙方的違約責(zé)任和違約金的數(shù)額。如果一方違約，對方可以按照約定要求違約方支付違約金作為補(bǔ)償。

3.實際損失賠償：如果因為運(yùn)輸人的過錯或者失職造成貨物損失、延誤、滅失等實際損失，貨主可以要求運(yùn)輸人進(jìn)行相應(yīng)的賠償。賠償金額應(yīng)當(dāng)根據(jù)損失的程度進(jìn)行合理計算。

4.利益損失賠償：有時候貨物的損失并不能直接計算出具體的金額，例如貨物延誤導(dǎo)致交易合同無法履行，貨主因此遭受到經(jīng)濟(jì)損失。在這種情況下，貨主可以要求運(yùn)輸人進(jìn)行利益損失賠償。

5.追加賠償：在運(yùn)輸合同中，雙方也可以約定一些特別的損失賠償條款。例如，貨物的保險費(fèi)用、貨主因違約而產(chǎn)生的律師費(fèi)等，都可以追加在賠償范圍之內(nèi)。

需要注意的是，在處理運(yùn)輸合同糾紛時，雙方應(yīng)當(dāng)首先通過協(xié)商解決問題。如果協(xié)商無果，雙方可以選擇訴訟、仲裁等方式進(jìn)行解決。在涉及訴訟或仲裁時，需要根據(jù)相關(guān)法律規(guī)定提供相應(yīng)的證據(jù)以支持自己的主張。

總之，運(yùn)輸合同糾紛的賠償主要依據(jù)合同約定和相關(guān)法律法規(guī)進(jìn)行，雙方應(yīng)當(dāng)根據(jù)具體情況合理選擇合適的賠償方式，并通過協(xié)商、訴訟或仲裁解決爭議。