在采購過程中，如果涉及到運費合同糾紛，可以按照以下步驟進行處理：

1. 查看合同：首先，仔細閱讀采購合同中有關(guān)運費的條款和條件。確認在合同中是否明確了運費的支付方式、計算方法、支付時間等關(guān)鍵信息。

2. 溝通和協(xié)商：與供應(yīng)商進行溝通和協(xié)商，盡量通過友好協(xié)商的方式解決糾紛。雙方可以就運費的具體金額、資費標(biāo)準(zhǔn)等進行詳細討論，尋找共同的理解和解決方案。

3. 提供證據(jù)：如果無法通過溝通解決糾紛，采購方需要提供充分的證據(jù)來支持自己的主張?？梢蕴峁┫嚓P(guān)的運輸文件、交付單據(jù)、支付記錄等來證明自己的權(quán)益。同時，供應(yīng)商也可能提供相關(guān)證據(jù)來證明其合法權(quán)益。

4. 調(diào)解和仲裁：如果協(xié)商無果，可以尋求第三方的調(diào)解或仲裁?？梢酝ㄟ^在合同中明確仲裁的方式和機構(gòu)，以便在糾紛發(fā)生時能夠迅速解決。通過仲裁，可以有效避免訴訟的時間和費用開支。

5. 法律訴訟：如果經(jīng)過調(diào)解或仲裁仍然無法解決糾紛，采購方可以考慮通過法律途徑解決。請咨詢專業(yè)律師的建議，了解相關(guān)的訴訟程序和法律規(guī)定。

在處理運費合同糾紛時，及時溝通、明確條款、提供證據(jù)以及尋求專業(yè)支持都是非常重要的。最好的解決方式是通過長期健康的合作關(guān)系來避免糾紛的發(fā)生。