合同糾紛賠償支出在會計上通常會被視為一項費用并入賬。具體入賬方式分為兩種情況：

1. 如果合同糾紛賠償支出是屬于因公司經(jīng)營活動而產(chǎn)生的一項費用，那么它將被視為公司的業(yè)務費用，應當根據(jù)公司的財務政策和會計準則予以確認。一般來說，這樣的費用會以記賬憑證的形式進行入賬，將費用金額借方入賬，相應的貸方通常會是現(xiàn)金賬戶或銀行賬戶，表示支付了賠償款項。

2. 如果合同糾紛賠償支出是屬于非運營性質的費用，比如非經(jīng)常性損失或罰款等，那么它將被視為公司的其他費用。這類費用入賬的方式會依賴于具體的實際情況，可能會被視為一次性的、特殊的費用項目。記賬的方式可能是通過借方入賬，將費用金額分攤到合適的費用科目中。貸方通常也會是現(xiàn)金賬戶或銀行賬戶，表示支付了賠償款項。

無論是哪一種情況，合同糾紛賠償支出的入賬需要依據(jù)會計準則和稅法法規(guī)進行處理。通常需要由專業(yè)財務人員進行財務處理，并確保所有相關的憑證和報表能夠準確地反映該費用的發(fā)生和影響。此外，還需要保留相關的證據(jù)和文件作為備查，以備日后審計或核查需要。