代簽票據(jù)時認定合同糾紛的方式有以下幾種：

1. 查閱原始合同：首先，代簽票據(jù)的人要查閱原始合同以了解雙方當事人的權(quán)利和義務，確保票據(jù)的合法性。

2. 驗證票據(jù)真?zhèn)危捍炄诵枰獙ζ睋?jù)的真?zhèn)芜M行驗證，比如查看票據(jù)的背書、印章等，確保票據(jù)的合法性。

3. 核對票據(jù)的金額和其他信息：代簽人需要核對票據(jù)上的金額和其他信息是否與原始合同相符，以確保雙方當事人對票據(jù)的約定一致。

4. 了解當事人意圖：代簽人也需要了解當事人的意圖，即簽署票據(jù)的目的和意義，以便判斷合同糾紛的性質(zhì)和解決方案。

5. 參考相關法律法規(guī)：代簽人還可以參考相關的法律法規(guī)，比如《票據(jù)法》、《合同法》等，以確定合同糾紛的處理方式。

6. 尋求專業(yè)法律意見：如果遇到復雜的合同糾紛，代簽人也可以尋求專業(yè)法律意見，以確保自己的處理方式合法有效。

總之，代簽票據(jù)時認定合同糾紛需要綜合考慮原始合同、票據(jù)的真?zhèn)巍⒔痤~和其他信息的一致性，了解當事人意圖，并參考相關法律法規(guī)和專業(yè)法律意見，確保合同糾紛的處理正確合法。