被告在工程合同糾紛中應訴的步驟如下：

1. 充分了解案件事實和法律依據(jù)：被告應詳細了解和分析訴訟請求、案件背景、證據(jù)和相應的法律依據(jù)。這將為被告提供確定辯護策略和防御方案的基礎。

2. 尋求法律專業(yè)人士的幫助：被告可以尋求律師或法律顧問的幫助，在案件準備和應訴過程中提供指導和建議。他們將能夠為被告提供相關法律知識和專業(yè)的法律保護。

3. 準備答辯材料：被告需要準備詳盡的答辯材料，包括答辯狀、反訴狀、證據(jù)清單等。這些材料應該清晰、有力地駁斥原告的訴訟請求，并提供相應的辯解和反訴。

4. 提交答辯材料：被告應按照法院規(guī)定的時間將答辯材料提交給法院，并提供副本給原告和其他相關方。確保材料按時提交可以避免被法院判決缺席裁定，導致敗訴。

5. 參與庭審：被告應該積極參與庭審過程，回答法官和原告律師的問題，并提供相關的證人證言和證據(jù)。同時，被告還應在庭審中展示自己的辯護觀點和證據(jù)，爭取法院的支持。

6. 辯護詞和辯護陳述：被告應編寫辯護詞和辯護陳述，對原告的訴訟請求進行詳細解釋和駁斥，并提供自己的辯護觀點和證據(jù)。

7. 考慮和解：在訴訟過程中，被告可以考慮與原告進行和解，以避免長時間的司法糾紛和法律費用的增加。被告可以與律師商討和解的條件和方式，并盡力達成雙方都可以接受的和解協(xié)議。

總之，被告在工程合同糾紛中應訴時，需要充分了解案件事實和法律依據(jù)，尋求法律專業(yè)人士的幫助，準備詳盡的答辯材料，積極參與庭審過程，并考慮與原告進行和解。這樣可以增加被告在訴訟中的勝訴機會，并有效保護自身的合法權益。